Analisis ini digunakan untuk menghitung koloni pada cawan petri dimana luas area pengamatannya dapat diset berdasarkan bentuk persegi atau lingkaran. Software ini hanya dapat membedakan dua jenis koloni, masing-masing diberi warna merah dan hijau.
Tahapan analisisnya seperti berikut:
Pilih software PhotoCapMW, di jendela ini akan terlihat halaman kerja seperti berikut
Klik Open > pilih file foto koloni > Open. (format yang dapat dianalisis dalam software ini dalam bentuk .JPEG dengan Dimensi sekitar 300×300)
Kemudian akan terlihat jendela seperti dibawah ini
Klik Image Quantification > Colony counting > pilih ikon untuk menghitung koloni secara otomatis sehingga tampilannya seperti berikut
Pilih Circle > drag circle yang terbentuk hingga memiliki luas area seperti foto cawan petri
Klik count maka akan muncul data koloni pada bagian bawah, data lengkap mengenai koloni dapat dilihat dengan menggeser Scroll bar ke bawah
Untuk mengetahui letak keberadaan dari koloni yang dimiliki, centang ikon Display colony Number